司法会计鉴定与注册会计师审计既有相同点，又有不同点。注册会计师从事司法会计鉴定应当认真学习相关法律知识和司法会计鉴定的专门技术方法。从宏观来讲，既要充分利用我国十多万注册会计师这一人力资源来作为司法会计鉴定人，又要加强对司法会计鉴定人的管理和指导，这对推动我国司法鉴定制度的建设是十分必要的，也是切实可行的。
知识结构不同
  司法会计鉴定人与注册会计师在知识结构方面不同。湛江恒企会计培训学校介绍，根据我国3个诉讼法，即刑事诉讼法、民事诉讼法和行政诉讼法的规定，司法会计鉴定是一种诉讼活动。，刑事、民事、行政三类案件进入诉讼程序后才有司法鉴定活动;第二，司法会计鉴定过程中可能会根据需要对当事人询问、调查;第三，出具鉴定报告后可能出庭质证或接受法官的认证。
  由此可见，司法会计鉴定人不仅应具有渊博的会计学、审计学知识，还必须具备一定的法律知识，特别应懂得诉讼法和相关的法律。如合同纠纷的鉴定，应懂得民事诉讼法和经济合同法;对担保借款纠纷的鉴定，应懂得民事诉讼法和担保法等。司法会计鉴定人不是法官，不能判决当事人是否有罪或是否有过错，但因为参与了诉讼的过程，就必须懂法和守法，这样才能切实履行司法鉴定人的职责，独立、客观、公正、科学地进行鉴定，为司法公正做出自己应有的贡献。
  湛江恒企会计培训学校认为毫无疑问，注册会计师必须具有渊博的会计学、审计学知识，同时也应具有一定的法律知识，但主要是应具备税法、经济法知识，而对于诉讼法和鉴定活动涉及的相关法律知识则不必强求了。司法会计鉴定人应具有的法律知识从总量上来说应比注册会计师多，而且从结构上来说还有一些侧重点。
所起作用不同
  司法会计鉴定是借助财会技术和专门知识，解决与案件有关的某些专门问题的主要手段，它在诉讼活动中起着其它手段不可替代的特殊作用。具体来说，一是为查明事实提供依据，为进一步的调查提供线索;二是为案件的审理提供证据;三是为审查、核实其他证据提供依据。
  注册会计师审计通常是以第三者的身份对会计报表的合法性、公允性、一贯性发表意见，为管理当局或社会公众判断会计报表的可信度提供证明。湛江恒企会计培训学校分析，如上市公司公布的招股说明书中，包括会计师事务所对其会计报表审计后的审计报告。
对象和范围不同
  司法会计鉴定的对象和范围通常是与案件直接相关的会计凭证、会计账簿和会计报表以及其他资料。如某债务纠纷案件鉴定，其鉴定对象和范围仅限于与债务发生和归还有关的原始凭证、记账凭证和有关总账、明细账，以及借款合同等，而不涉及其他会计资料。而注册会计师审计，通常是对一个单位的会计报表进行审计，其范围涉及所审计年度内的全部会计凭证、会计账簿和会计报表以及有关资料。前者的对象和范围是特定的，而后者范围较广。
采用的技术不同
  湛江恒企会计培训学校介绍，司法会计鉴定除了要采用与注册会计师审计相同的一般会计技术和审计方法外，还要以资金运行的规律性、财务关系的相对 稳定性、会计核算的特定性和会计核算的相对稳定性为科学依据，采用比对鉴别法和平衡分析法等方法，通过查账和财产清查与估价，对与案件有关的财务事实做出科学的判断。
  以平衡分析法为例，它是指根据资金或数据的量的平衡关系，通过验证平衡，推导并确认某项资金或数据客观情况的会计鉴定方法。此外，还要根据具体情况运用因素递增法、范围限定法、排因法、还原法等会计鉴定方法。而注册会计师审计运用较多的抽样审计法，却一般不能运用于司法会计鉴定。由此说明，司法会计鉴定与注册会计师审计所运用的专业技术方法是不完全相同的。
搜集和鉴别证据不同
  司法会计鉴定结论本身在诉讼活动中是一种特殊的证据，而搜集并鉴别形成鉴定结论的有关原始凭证、账簿记录等证据显得十分必要。这些证据不仅要作为鉴定人的工作底稿，而且应附在鉴定报告之后，以备出庭质证和法官认证时用。湛江恒企会计培训学校介绍，注册会计师审计往往也需要搜集一些证据，如银行对账单、借款合同等，但不需要大量搜集，更不必附在审计报告之后，只作工作底稿保存。两者比较，司法会计鉴定更强调搜集并鉴别原始凭证等证据。
报告类型和格式不同
  司法会计鉴定和注册会计 师审计的结果都要出具报告，但报告类型和格式有很大区别。司法会计鉴定目前虽无统一的报告类型和格式，但一般都是明确表达鉴定结论的肯定性意见类型，无其他类型。而注册会计师的审计报告有：无保留意见、保留意见、否定意见和无法表示意见4种类型。关于报告的格式，司法会计鉴定目前无统一的格式。而注册会计师出具的审计报告由注册会计师协会统一规定为标题、范围段、管理层及注册会计师的责任、审计意见和按照相关法律法规的要求报告的事项。
承担法律责任不同
  司法会计鉴定机构和鉴定人的法律责任各国有不同的规定。湛江恒企会计培训学校介绍，我国现行的3部诉讼法只有刑事诉讼法第120条规定了“鉴定人故意做虚假鉴定的，应当承担法律责任。”而民事诉讼法和行政诉讼法只对鉴定机构和鉴定人规定了权利，而未规定相应的义务，更未规定因鉴定结论的错误而导致当事人败诉造成的损失承担民事责任或行政责任。
  注册会计师审计，出具虚假审计报告或有其它违法行为，有关法律规定，会计师事务所和注册会计师要承担刑事责任、民事责任和行政责任。目前在我国，司法会计鉴定机构和鉴定人承担的法律责任比起会计师事务所和注册会计师来说相对轻一些，但随着法制建设的加强，这种状况会逐渐改变。